Σύμφωνα με τον ν.3937/2011 (ΦΕΚ 60/Α/31-3-2011) Αρθ. 5, ως σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος (οικοτόπων και ειδών) είναι οι περιοχές Natura, τα Καταφύγια Άγριας Ζωής (ΚΑΖ), τα Εθνικά Πάρκα, οι Εθνικοί Δρυμοί κ.λπ.
Η υπό μελέτη περιοχή αποτελεί ένα θαλασσινό προορισμό και ταυτόχρονα πολλούς επί μέρους νησιωτικούς προορισμούς, που ξεχωρίζουν για το ανεπανάληπτο φυσικό τοπίο, για το χαρακτηριστικό τους ανάγλυφο, τους παραδοσιακούς οικισμούς τους, την ιστορία και τα πολιτιστικά τους αξιοθέατα. Σημειώνεται ότι το μεγαλύτερο μέρος των θαλασσίων και χερσαίων περιοχών της περιοχής επέμβασης του ΕΠΣ Δήμου Μήλου, Κιμώλου, Σερίφου, Σίφνου και Κύθνου έχουν ενταχθεί στο σχέδιο Natura 2000 και αποτελούν μοναδικά, ιδιαίτερα και ευαίσθητα οικοσυστήματα για τα οποία απαιτείται προσεκτικός σχεδιασμός της ενδοχώρας και εφαρμογή ολοκληρωμένων λύσεων στη διαχείριση των υποδομών και των φυσικών πόρων, στην ενθάρρυνση των οικονομικών δραστηριοτήτων και στην κοινωνική προστασία. Οι περιοχές που εμπίπτουν στο δίκτυο Natura 2000 εντός της περιοχής μελέτης είναι οι εξής:
· GR4220010: Βορειοδυτική Κύθνος: Όρος Αθέρας - Ακρωτήριο Κέφαλος και παράκτια ζώνη (SCI)
· GR4220029: Σέριφος: παράκτια ζώνη και νησίδες Σεριφοπούλα, Πεπέρι και Βους (SPA)
· GR4220009: Νότια Σέριφος (SCI)
· GR4220008: Σίφνος: Προφήτης Ηλίας μέχρι δυτικές ακτές και θαλάσσια περιοχή (SCI)
· GR4220006: Νησί Πολύαιγος – Κίμωλος (SCI)
· GR4220030: Δυτική Μήλος, Αντιμήλος, Πολυαίγος και νησίδες (SPA)
· GR4220007: Νήσος Αντίμηλος - θαλάσσια παράκτια ζώνη (SCI)
· GR4220020: Νήσος Μήλος: Προφήτης Ηλίας (SCI)
· GR4220005: Παράκτια ζώνη δυτικής Μήλου (SCI)
Σε ότι αφορά το ιστορικό – πολιτιστικό περιβάλλον, τα νησιά των Δυτικών Κυκλάδων διαθέτουν ιδιαίτερο και πολύ σημαντικό αρχιτεκτονικό, ιστορικό και πολιτιστικό απόθεμα. Μεταξύ των εντοπισμένων αρχαιολογικών χώρων, έχουν οροθετηθεί οι κάτωθι:
· Υ.Α. Αριθμ. ΥΠΠΟ/ΑΡΧ/Α1/Φ21/46904/2466 (ΦΕΚ 793 Β/24-10-1994): Καθορισμός ζωνών Προστασίας Α-Β αρχαιολογικού χώρου Βρυοκάστρου Κύθνου.
· Υ.Α. Αριθμ. ΥΠΠΟΤ/ΓΔΑΠΚ/ΑΡΧ/Α1/Φ21/121161/5093 (ΦΕΚ 3123 Β/30-12-2011): Έγκριση κήρυξης−οριοθέτησης ενάλιου αρχαιολογικού χώρου στον όρμο Μανδράκι, συμπεριλαμβανομένης και της νησίδας Βρυόκαστρο, νήσου Κύθνου, Περιφερειακής Ενότητας Κυκλάδων, Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου.
· Υ.Α. Αριθμ. ΥΠΠΟΑ/ΓΔΑΠΚ/ΔΒΜΑ/ΤΑΧΜΑΕ/119998/61873/4212/1907 (ΦΕΚ 327 ΑΑΠ/17-092013): Οριοθέτηση του αρχαιολογικού χώρου της αρχαίας πόλης της Σίφνου και των νεκροταφείων της, στον οικισμό «Κάστρο», Δ. Σίφνου, Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου.
· Υ.Α. Αριθμ. ΥΠΑΙΘΠΑ/ΓΔΑΠΚ/ΔΙΠΚΑ/ΤΑΧ/Φ21/131113/39240/7598/5830 (ΦΕΚ 203 ΑΑΠ/4-062013): Κήρυξη-οριοθέτηση αρχαιολογικού χώρου στη θέση «Ακρωτηράκι−Πλατύς Γιαλός» Σίφνου Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου.
· Υ.Α. Αριθμ. ΥΠΠΟΑ/ΓΔΑΠΚ/ΔΙΠΚΑ/ΤΑΧ/Φ21/115795/59758/7934/380 (ΦΕΚ 342 ΑΑΠ/27-092013): Κήρυξη−οριοθέτηση του αρχαιολογικού χώρου της Χώρας Σερίφου, νήσου Σερίφου, Δήμου Σερίφου, Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου.
· Υ.Α. Αριθμ. ΥΠΠΟΑ/ΓΔΑΠΚ/ΔΙΠΚΑ/ΤΑΧ/ Φ21/91718/45827/6338/3052 (ΦΕΚ 279 ΑΑΠ/7-082013): Κήρυξη−οριοθέτηση του αρχαιολογικού χώρου στο Μέγα Λιβάδι, νήσου Σερίφου, Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου.
· Υ.Α. Αριθμ. 13642 (ΦΕΚ 29 Β/26-01-1963): Περί κηρύξεως αρχαιολογικού χώρου εν Σέριφο. Τις τελευταίες δεκαετίες στα περισσότερα νησιά της υπό μελέτη περιοχής το φυσικό περιβάλλον της περιοχής δέχεται τις επιδράσεις του μαζικού τουρισμού με αποτέλεσμα την ανεξέλεγκτη οικιστική ανάπτυξη, την αλλαγή στις χρήσεις γης, το μετασχηματισμό της παραγωγικής βάσης.