Σύμφωνα με τον ν.3937/2011 (ΦΕΚ 60/Α/31-3-2011) Αρθ. 5, ως σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος (οικοτόπων και ειδών) είναι οι περιοχές Natura, τα Καταφύγια Άγριας Ζωής (ΚΑΖ), τα Εθνικά Πάρκα, οι Εθνικοί Δρυμοί κ.λπ.
0 Δήμος Λευκάδας διαθέτει ιδιαίτερα ελκυστικό φυσικό περιβάλλον, με ευαίσθητες οικολογικά
Περιοχές οι οποίες πιέζονται από την τουριστική και οικιστική ανάπτυξη. Στα όρια των Δ.Ε. Λευκάδος, Δ.Ε. Απολλωνίων, Δ.Ε. Ελλομένου, Δ.Ε. Καρυάς, Δ.Ε. Σφακιωτών του Δήμου Λευκάδος εντοπίζονται τα εξής σημαντικά στοιχεία φυσικού περιβάλλοντος:
Δίκτυο προστατευόμενων περιοχών Natura 2000: Δήμου Λευκάδος και Δήμου Μεγανησίου. Φορέας Διαχείρισης Αμβρακικού Κόλπου – Λευκάδας.
o GR2240001 – SCI-SPA: ΛΙΜΝΟΘΑΛΑΣΣΕΣ ΣΤΕΝΩΝ ΛΕΥΚΑΔΑΣ (ΠΑΛΙΟΝΗΣ ΑΥΛΙΜΩΝ) & ΑΛΥΚΕΣ, 2120.68 εκτ.
o GR2240002 - SCI A: ΠΕΡΙΟΧΗ ΧΟΡΤΑΤΩΝ ΛΕΥΚΑΔΟΣ, 1249.29 εκτ.
o GR2220003 - SCI B: ΕΣΩΤΕΡΙΚΟ ΑΡΧΙΠΕΛΑΓΟΣ ΙΟΝΙΟΥ (ΜΕΓΑΝΗΣΙ, ΑΡΚΟΥΔΙ, ΑΤΟΚΟΣ, 354.10 χλμ.
Δίκτυο προστατευόμενων περιοχών Natura 2000 με Φορέα Διαχείρισης Προστατευόμενων Περιοχών Καλαμά – Αχέροντα – Κέρκυρας
o GR2220003 - SCI B: ΕΣΩΤΕΡΙΚΟ ΑΡΧΙΠΕΛΑΓΟΣ ΙΟΝΙΟΥ (ΜΕΓΑΝΗΣΙ, ΑΡΚΟΥΔΙ, ΑΤΟΚΟΣ, 354.10 χλμ.
Καταφύγια Άγριας Ζωής: Δ.Ε. Λευκάδας, Δ.Ε. Απολλωνίων, Δ.Ε. Ελλομένου, Δ.Ε. Καρυάς, Δ.Ε. Σφακιωτών του Δήμου Λευκάδος.
K768: Δ.Δ Καρυάς, Εξάνθειας, Αγ.Ηλία, Νικολή Δήμου Καρυάς, Σφακιωτών, Απολλωνίων και Ελλομένου
Μικροί Νισιωτικοί Υγρότοποι (ΦΕΚ 229/ΑΑΠ/2012) και Υγρότοποι
· LEF001, Λιμνοθάλασσα Πόλης Λευκάδας (Γυράπετρα), 438.21 εκτ.
· LEF002, Έλος αλυκών Πόλεως, 19.40 εκτ.
· LEF005, Λιμνοδεξαμενή Καρυάς, 5.52 εκτ.
· LEF003, Αλυκή Αλεξάνδρου, 77.73 εκτ.
· Y224LEF007, Έλος κοιλάδας Κομηλιού, Έλος κοιλάδας Κομηλιού.
· LEF008, Εκβολή ρύακα Κακό Λαγγάδι, 1.27 εκτ.
· Y224LEF011, Λίμνη Μαραντοχωρίου, 10.00 εκτ.
· LEF009, Όρμος Βλυχό, 24.82 εκτ.
· LEF006, Εκβολή ρέματος Δημοσάρη, 0.45 εκτ.
· Y224LEF010, Εκβολή ρέματος Χειμάρρου (Βασιλική), 11.00 εκτ.
· MGN003, Έλος Γρίλια, 1.42 εκτ.
· Y224MGN002, Έλος Ελιά, 2.00 εκτ.
· MGN001, Έλος Ακόνι, 0.46 εκτ.